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Markers Found at ≥80% in Haplogroups (Ltr-Num-Ltr Level)

Data retrieved from sequences collected from Genbank on 2025-07-20
Number of unique variants below = 1562
Minimum haplogroup size for reporting = 10 sequences

There are twelve high frequency ancestral variants in this list that are extremely common across all lineages and, as such, are not generally informative for haplotyping. Conversely, the lack of one or more of these variants may be of use. These variants are 73G, 263G, 750G, 1438G, 2706G, 4769G, 7028T, 8860G, 11719A, 14766T, 15326G, & 16519C. For lineage distribution, see TopVariants.

Index	Pos	rCRS	Variant	Count	HG Total	Freq	Haplo
1	55	T	C	62	76	81.58	H15a
2	56	A	-	28	31	90.32	M39b
3	58	T	A	31	31	100.00	M39b
4	61	C	A	14	17	82.35	M13c
5	61	C	T	28	32	87.50	Q3a
6	62	G	A	14	17	82.35	M13c
7	62	G	A	28	32	87.50	Q3a
8	64	C	T	22	23	95.65	A2f
9	64	C	T	27	30	90.00	A2h
10	64	C	T	18	19	94.74	A2i
11	64	C	T	10	12	83.33	A2j
12	64	C	T	12	13	92.31	A2k
13	64	C	T	13	14	92.86	A2l
14	64	C	T	14	16	87.50	A2p
15	64	C	T	15	17	88.24	A2q
16	64	C	T	20	20	100.00	A2v
17	64	C	T	30	34	88.24	A2w
18	64	C	T	18	19	94.74	A8a
19	64	C	T	283	297	95.29	R0a
20	65	T	TT	29	31	93.55	M39b
21	66	G	T	31	31	100.00	M39b
22	72	T	C	83	87	95.40	HV0a
23	72	T	C	14	14	100.00	HV0b
24	72	T	C	13	15	86.67	HV0d
25	72	T	C	14	16	87.50	HV0e
26	72	T	C	12	13	92.31	V10a
27	72	T	C	13	15	86.67	V10b
28	72	T	C	11	13	84.62	V15a
29	72	T	C	11	12	91.67	V18a
30	72	T	C	108	131	82.44	V1a
31	72	T	C	15	17	88.24	V2b
32	72	T	C	9	11	81.82	V2c
33	72	T	C	20	21	95.24	V3a
34	72	T	C	79	94	84.04	V7a
35	73	A	G	29	29	100.00	A11a
36	73	A	G	11	11	100.00	A12a
37	73	A	G	13	13	100.00	A15a
38	73	A	G	57	57	100.00	A15c
39	73	A	G	13	13	100.00	A1a
40	73	A	G	250	297	84.18	A2a
41	73	A	G	54	54	100.00	A2b
42	73	A	G	25	29	86.21	A2d
43	73	A	G	22	23	95.65	A2f
44	73	A	G	15	17	88.24	A2g
45	73	A	G	27	30	90.00	A2h
46	73	A	G	18	19	94.74	A2i
47	73	A	G	11	12	91.67	A2j
48	73	A	G	13	13	100.00	A2k
49	73	A	G	14	14	100.00	A2l
50	73	A	G	12	12	100.00	A2m
51	73	A	G	15	16	93.75	A2p
52	73	A	G	16	17	94.12	A2q
53	73	A	G	12	12	100.00	A2u
54	73	A	G	20	20	100.00	A2v
55	73	A	G	34	34	100.00	A2w
56	73	A	G	13	14	92.86	A2y
57	73	A	G	70	70	100.00	A5a
58	73	A	G	26	26	100.00	A5b
59	73	A	G	10	10	100.00	A5c
60	73	A	G	19	19	100.00	A8a
61	73	A	G	62	65	95.38	B2a
62	73	A	G	244	246	99.19	B2b
63	73	A	G	54	56	96.43	B2c
64	73	A	G	35	35	100.00	B2d
65	73	A	G	34	35	97.14	B2e
66	73	A	G	15	16	93.75	B2g
67	73	A	G	11	11	100.00	B2h
68	73	A	G	34	34	100.00	B2i
69	73	A	G	19	19	100.00	B2l
70	73	A	G	30	30	100.00	B2o
71	73	A	G	25	25	100.00	B2q
72	73	A	G	16	17	94.12	B2y
73	73	A	G	2319	2322	99.87	B4a
74	73	A	G	293	296	98.99	B4b
75	73	A	G	310	311	99.68	B4c
76	73	A	G	42	42	100.00	B4d
77	73	A	G	22	22	100.00	B4e
78	73	A	G	56	56	100.00	B4g
79	73	A	G	20	20	100.00	B4h
80	73	A	G	11	11	100.00	B4i
81	73	A	G	666	666	100.00	B5a
82	73	A	G	169	170	99.41	B5b
83	73	A	G	70	71	98.59	B6a
84	73	A	G	506	510	99.22	C1b
85	73	A	G	201	208	96.63	C1c
86	73	A	G	217	219	99.09	C1d
87	73	A	G	459	462	99.35	C4a
88	73	A	G	273	273	100.00	C4b
89	73	A	G	31	35	88.57	C4c
90	73	A	G	93	93	100.00	C5a
91	73	A	G	44	44	100.00	C5b
92	73	A	G	37	39	94.87	C5c
93	73	A	G	38	39	97.44	C5d
94	73	A	G	164	165	99.39	C7a
95	73	A	G	22	27	81.48	D1a
96	73	A	G	18	19	94.74	D1e
97	73	A	G	51	53	96.23	D1f
98	73	A	G	36	36	100.00	D1g
99	73	A	G	36	37	97.30	D1j
100	73	A	G	64	64	100.00	D2a
101	73	A	G	22	22	100.00	D2b
102	73	A	G	179	180	99.44	D4a
103	73	A	G	296	298	99.33	D4b
104	73	A	G	81	81	100.00	D4c
105	73	A	G	221	222	99.55	D4e
106	73	A	G	17	18	94.44	D4f
107	73	A	G	90	91	98.90	D4g
108	73	A	G	125	125	100.00	D4h
109	73	A	G	48	48	100.00	D4i
110	73	A	G	314	316	99.37	D4j
111	73	A	G	39	39	100.00	D4m
112	73	A	G	18	18	100.00	D4n
113	73	A	G	69	69	100.00	D4o
114	73	A	G	12	12	100.00	D4p
115	73	A	G	28	28	100.00	D4q
116	73	A	G	13	13	100.00	D4s
117	73	A	G	231	233	99.14	D5a
118	73	A	G	168	169	99.41	D5b
119	73	A	G	24	24	100.00	D5c
120	73	A	G	19	19	100.00	D6a
121	73	A	G	15	15	100.00	D6c
122	73	A	G	386	387	99.74	E1a
123	73	A	G	54	54	100.00	E2a
124	73	A	G	32	32	100.00	E2b
125	73	A	G	821	826	99.39	F1a
126	73	A	G	153	154	99.35	F1b
127	73	A	G	67	67	100.00	F1c
128	73	A	G	81	81	100.00	F1d
129	73	A	G	35	35	100.00	F1e
130	73	A	G	161	161	100.00	F1f
131	73	A	G	91	91	100.00	F1g
132	73	A	G	73	73	100.00	F2a
133	73	A	G	31	31	100.00	F2b
134	73	A	G	13	13	100.00	F2c
135	73	A	G	18	18	100.00	F2d
136	73	A	G	10	11	90.91	F2e
137	73	A	G	11	11	100.00	F2f
138	73	A	G	88	88	100.00	F3a
139	73	A	G	230	230	100.00	F3b
140	73	A	G	35	35	100.00	F4a
141	73	A	G	72	73	98.63	F4b
142	73	A	G	81	81	100.00	G1a
143	73	A	G	108	108	100.00	G1b
144	73	A	G	15	15	100.00	G1c
145	73	A	G	272	273	99.63	G2a
146	73	A	G	56	56	100.00	G2b
147	73	A	G	11	11	100.00	G2c
148	73	A	G	42	43	97.67	G3a
149	73	A	G	18	18	100.00	G3b
150	73	A	G	60	60	100.00	HV2a
151	73	A	G	211	216	97.69	I1a
152	73	A	G	42	42	100.00	I1b
153	73	A	G	21	21	100.00	I1c
154	73	A	G	18	18	100.00	I1f
155	73	A	G	34	37	91.89	I2a
156	73	A	G	43	43	100.00	I2c
157	73	A	G	20	21	95.24	I2d
158	73	A	G	47	48	97.92	I3a
159	73	A	G	14	14	100.00	I3d
160	73	A	G	133	134	99.25	I4a
161	73	A	G	14	14	100.00	I4b
162	73	A	G	72	73	98.63	I5a
163	73	A	G	23	24	95.83	I5c
164	73	A	G	468	471	99.36	J1b
165	73	A	G	1651	1687	97.87	J1c
166	73	A	G	105	106	99.06	J1d
167	73	A	G	431	436	98.85	J2a
168	73	A	G	374	377	99.20	J2b
169	73	A	G	1259	1295	97.22	K1a
170	73	A	G	213	217	98.16	K1b
171	73	A	G	270	274	98.54	K1c
172	73	A	G	12	13	92.31	K1d
173	73	A	G	255	266	95.86	K2a
174	73	A	G	101	107	94.39	K2b
175	73	A	G	795	803	99.00	L0d
176	73	A	G	120	120	100.00	L0k
177	73	A	G	354	373	94.91	L1b
178	73	A	G	601	624	96.31	L1c
179	73	A	G	1157	1195	96.82	L2a
180	73	A	G	134	141	95.04	L2b
181	73	A	G	155	159	97.48	L2c
182	73	A	G	25	27	92.59	L2d
183	73	A	G	22	24	91.67	L2e
184	73	A	G	30	30	100.00	L3a
185	73	A	G	445	460	96.74	L3b
186	73	A	G	436	452	96.46	L3d
187	73	A	G	973	1001	97.20	L3e
188	73	A	G	299	301	99.34	L3f
189	73	A	G	76	80	95.00	L3h
190	73	A	G	33	35	94.29	L3i
191	73	A	G	20	20	100.00	L3k
192	73	A	G	43	43	100.00	L3x
193	73	A	G	19	19	100.00	L4a
194	73	A	G	90	92	97.83	L4b
195	73	A	G	28	30	93.33	L5a
196	73	A	G	68	68	100.00	M10a
197	73	A	G	23	23	100.00	M11a
198	73	A	G	9	10	90.00	M11b
199	73	A	G	73	73	100.00	M12a
200	73	A	G	70	70	100.00	M12b
201	73	A	G	44	44	100.00	M13a
202	73	A	G	15	15	100.00	M13b
203	73	A	G	17	17	100.00	M13c
204	73	A	G	21	21	100.00	M17a
205	73	A	G	45	45	100.00	M17c
206	73	A	G	18	18	100.00	M18a
207	73	A	G	195	198	98.48	M1a
208	73	A	G	52	53	98.11	M1b
209	73	A	G	38	38	100.00	M21a
210	73	A	G	96	96	100.00	M21b
211	73	A	G	27	28	96.43	M24a
212	73	A	G	32	32	100.00	M24b
213	73	A	G	49	49	100.00	M27a
214	73	A	G	66	66	100.00	M27b
215	73	A	G	29	29	100.00	M27c
216	73	A	G	56	56	100.00	M28a
217	73	A	G	137	138	99.28	M2a
218	73	A	G	105	105	100.00	M2b
219	73	A	G	13	13	100.00	M30b
220	73	A	G	25	25	100.00	M30c
221	73	A	G	14	14	100.00	M30d
222	73	A	G	25	25	100.00	M31a
223	73	A	G	10	10	100.00	M32a
224	73	A	G	149	149	100.00	M32c
225	73	A	G	47	47	100.00	M33a
226	73	A	G	17	17	100.00	M33b
227	73	A	G	21	21	100.00	M33c
228	73	A	G	41	41	100.00	M35a
229	73	A	G	61	63	96.83	M35b
230	73	A	G	28	28	100.00	M36d
231	73	A	G	20	20	100.00	M37a
232	73	A	G	13	13	100.00	M37e
233	73	A	G	31	31	100.00	M39b
234	73	A	G	100	101	99.01	M3a
235	73	A	G	54	54	100.00	M3c
236	73	A	G	33	33	100.00	M3d
237	73	A	G	28	28	100.00	M40a
238	73	A	G	18	20	90.00	M42a
239	73	A	G	18	18	100.00	M42b
240	73	A	G	11	11	100.00	M44a
241	73	A	G	19	19	100.00	M45a
242	73	A	G	16	16	100.00	M49a
243	73	A	G	13	13	100.00	M49c
244	73	A	G	18	18	100.00	M4a
245	73	A	G	27	27	100.00	M50a
246	73	A	G	53	54	98.15	M51a
247	73	A	G	21	21	100.00	M51b
248	73	A	G	31	31	100.00	M52a
249	73	A	G	19	19	100.00	M52b
250	73	A	G	24	24	100.00	M53b
251	73	A	G	165	169	97.63	M5a
252	73	A	G	30	30	100.00	M5b
253	73	A	G	18	18	100.00	M5c
254	73	A	G	10	10	100.00	M60a
255	73	A	G	22	22	100.00	M62b
256	73	A	G	36	37	97.30	M65a
257	73	A	G	10	10	100.00	M65b
258	73	A	G	34	34	100.00	M68a
259	73	A	G	14	14	100.00	M69a
260	73	A	G	28	28	100.00	M6a
261	73	A	G	44	45	97.78	M71a
262	73	A	G	18	18	100.00	M72a
263	73	A	G	18	18	100.00	M73b
264	73	A	G	37	37	100.00	M74a
265	73	A	G	83	83	100.00	M74b
266	73	A	G	105	106	99.06	M7a
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1053	263	A	G	138	144	95.83	H5b
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1276	263	A	G	61	66	92.42	U4d
1277	263	A	G	1177	1227	95.93	U5a
1278	263	A	G	1250	1292	96.75	U5b
1279	263	A	G	319	322	99.07	U6a
1280	263	A	G	213	214	99.53	U6b
1281	263	A	G	31	31	100.00	U6c
1282	263	A	G	19	19	100.00	U6d
1283	263	A	G	328	329	99.70	U7a
1284	263	A	G	120	120	100.00	U7b
1285	263	A	G	102	109	93.58	U8a
1286	263	A	G	59	61	96.72	U8b
1287	263	A	G	10	10	100.00	U9a
1288	263	A	G	13	13	100.00	V10a
1289	263	A	G	15	15	100.00	V10b
1290	263	A	G	12	13	92.31	V15a
1291	263	A	G	11	12	91.67	V18a
1292	263	A	G	120	131	91.60	V1a
1293	263	A	G	17	17	100.00	V2b
1294	263	A	G	10	11	90.91	V2c
1295	263	A	G	21	21	100.00	V3a
1296	263	A	G	16	16	100.00	V3c
1297	263	A	G	83	94	88.30	V7a
1298	263	A	G	27	27	100.00	V9a
1299	263	A	G	41	44	93.18	W1a
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8054	12403	C	T	53	53	100.00	M1b
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8057	12406	G	A	153	154	99.35	F1b
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8534	13590	G	A	35	35	100.00	B2d
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8754	14233	A	G	13	13	100.00	T2n
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8760	14290	T	C	11	11	100.00	A12a
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9220	14769	A	G	368	373	98.66	L1b
9221	14769	A	G	248	301	82.39	L3f
9222	14770	C	T	17	17	100.00	V2b
9223	14783	T	C	510	510	100.00	C1b
9224	14783	T	C	208	208	100.00	C1c
9225	14783	T	C	219	219	100.00	C1d
9226	14783	T	C	459	462	99.35	C4a
9227	14783	T	C	272	273	99.63	C4b
9228	14783	T	C	35	35	100.00	C4c
9229	14783	T	C	93	93	100.00	C5a
9230	14783	T	C	44	44	100.00	C5b
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10134	15326	A	G	18	18	100.00	P3b
10135	15326	A	G	36	36	100.00	P4a
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10160	15326	A	G	47	47	100.00	T1b
10161	15326	A	G	241	242	99.59	T2a
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10607	16129	G	C	378	395	95.70	U2e
10608	16136	T	C	12	12	100.00	A2u
10609	16136	T	C	289	296	97.64	B4b
10610	16140	T	C	652	666	97.90	B5a
10611	16140	T	C	167	170	98.24	B5b
10612	16142	C	T	51	53	96.23	D1f
10613	16144	T	C	127	129	98.45	Q1a
10614	16144	T	C	31	34	91.18	Q1c
10615	16144	T	C	12	12	100.00	Q1d
10616	16144	T	C	22	22	100.00	Q1e
10617	16144	T	C	20	21	95.24	Q1f
10618	16145	G	A	34	37	91.89	I2a
10619	16145	G	A	467	471	99.15	J1b
10620	16145	G	A	22	24	91.67	L2e
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11281	16296	C	T	15	15	100.00	T2k
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11504	16355	C	T	10	10	100.00	H1o
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11510	16356	T	C	16	20	80.00	M42a
11511	16356	T	C	207	214	96.73	U4b
11512	16356	T	C	87	90	96.67	U4c
11513	16356	T	C	60	66	90.91	U4d
11514	16357	T	C	12	12	100.00	HV13b
11515	16357	T	C	10	10	100.00	M32a
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11521	16362	T	C	13	13	100.00	A1a
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