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Markers Found at ≥80% in Haplogroups (Ltr-Num-Ltr Level)

Data retrieved from sequences collected from Genbank on 2026-02-03
Number of unique variants below = 1603
Minimum haplogroup size for reporting = 10 sequences

There are twelve high frequency ancestral variants in this list that are extremely common across all lineages and, as such, are not generally informative for haplotyping. Conversely, the lack of one or more of these variants may be of use. These variants are 73G, 263G, 750G, 1438G, 2706G, 4769G, 7028T, 8860G, 11719A, 14766T, 15326G, & 16519C. For lineage distribution, see TopVariants.

Index	Pos	rCRS	Variant	Count	HG Total	Freq	Haplo
1	55	T	C	63	78	80.77	H15a
2	56	A	-	29	32	90.62	M39b
3	58	T	A	31	32	96.88	M39b
4	61	C	A	14	17	82.35	M13c
5	61	C	T	66	71	92.96	Q3a
6	62	G	A	14	17	82.35	M13c
7	62	G	A	66	71	92.96	Q3a
8	64	C	T	22	23	95.65	A2f
9	64	C	T	28	31	90.32	A2h
10	64	C	T	18	19	94.74	A2i
11	64	C	T	10	12	83.33	A2j
12	64	C	T	12	13	92.31	A2k
13	64	C	T	13	14	92.86	A2l
14	64	C	T	14	16	87.50	A2p
15	64	C	T	25	27	92.59	A2q
16	64	C	T	20	20	100.00	A2v
17	64	C	T	30	34	88.24	A2w
18	64	C	T	12	15	80.00	A2y
19	64	C	T	20	21	95.24	A8a
20	64	C	T	312	328	95.12	R0a
21	65	T	TT	30	32	93.75	M39b
22	66	G	A	32	40	80.00	M74a
23	66	G	T	31	32	96.88	M39b
24	72	T	C	83	87	95.40	HV0a
25	72	T	C	14	14	100.00	HV0b
26	72	T	C	13	15	86.67	HV0d
27	72	T	C	14	16	87.50	HV0e
28	72	T	C	12	13	92.31	V10a
29	72	T	C	13	15	86.67	V10b
30	72	T	C	11	13	84.62	V15a
31	72	T	C	18	19	94.74	V18a
32	72	T	C	110	134	82.09	V1a
33	72	T	C	15	17	88.24	V2b
34	72	T	C	9	11	81.82	V2c
35	72	T	C	20	21	95.24	V3a
36	72	T	C	80	95	84.21	V7a
37	72	T	G	15	15	100.00	H31a
38	73	A	G	29	29	100.00	A11a
39	73	A	G	11	11	100.00	A12a
40	73	A	G	13	13	100.00	A15a
41	73	A	G	58	58	100.00	A15c
42	73	A	G	14	14	100.00	A1a
43	73	A	G	252	300	84.00	A2a
44	73	A	G	54	54	100.00	A2b
45	73	A	G	25	29	86.21	A2d
46	73	A	G	22	23	95.65	A2f
47	73	A	G	16	18	88.89	A2g
48	73	A	G	28	31	90.32	A2h
49	73	A	G	18	19	94.74	A2i
50	73	A	G	11	12	91.67	A2j
51	73	A	G	13	13	100.00	A2k
52	73	A	G	14	14	100.00	A2l
53	73	A	G	12	12	100.00	A2m
54	73	A	G	15	16	93.75	A2p
55	73	A	G	26	27	96.30	A2q
56	73	A	G	12	12	100.00	A2u
57	73	A	G	20	20	100.00	A2v
58	73	A	G	34	34	100.00	A2w
59	73	A	G	14	15	93.33	A2y
60	73	A	G	70	70	100.00	A5a
61	73	A	G	26	26	100.00	A5b
62	73	A	G	10	10	100.00	A5c
63	73	A	G	21	21	100.00	A8a
64	73	A	G	62	65	95.38	B2a
65	73	A	G	282	284	99.30	B2b
66	73	A	G	54	56	96.43	B2c
67	73	A	G	35	35	100.00	B2d
68	73	A	G	34	35	97.14	B2e
69	73	A	G	15	16	93.75	B2g
70	73	A	G	11	11	100.00	B2h
71	73	A	G	34	34	100.00	B2i
72	73	A	G	21	21	100.00	B2l
73	73	A	G	30	30	100.00	B2o
74	73	A	G	27	27	100.00	B2q
75	73	A	G	18	19	94.74	B2y
76	73	A	G	2557	2560	99.88	B4a
77	73	A	G	301	304	99.01	B4b
78	73	A	G	304	305	99.67	B4c
79	73	A	G	47	47	100.00	B4d
80	73	A	G	22	22	100.00	B4e
81	73	A	G	56	56	100.00	B4g
82	73	A	G	18	18	100.00	B4h
83	73	A	G	676	676	100.00	B5a
84	73	A	G	176	177	99.44	B5b
85	73	A	G	69	70	98.57	B6a
86	73	A	G	507	511	99.22	C1b
87	73	A	G	201	208	96.63	C1c
88	73	A	G	218	220	99.09	C1d
89	73	A	G	460	460	100.00	C4a
90	73	A	G	273	273	100.00	C4b
91	73	A	G	31	35	88.57	C4c
92	73	A	G	93	93	100.00	C5a
93	73	A	G	44	44	100.00	C5b
94	73	A	G	39	41	95.12	C5c
95	73	A	G	38	39	97.44	C5d
96	73	A	G	167	168	99.40	C7a
97	73	A	G	22	27	81.48	D1a
98	73	A	G	18	19	94.74	D1e
99	73	A	G	51	53	96.23	D1f
100	73	A	G	36	36	100.00	D1g
101	73	A	G	10	10	100.00	D1h
102	73	A	G	36	37	97.30	D1j
103	73	A	G	64	64	100.00	D2a
104	73	A	G	22	22	100.00	D2b
105	73	A	G	189	190	99.47	D4a
106	73	A	G	305	307	99.35	D4b
107	73	A	G	81	81	100.00	D4c
108	73	A	G	223	224	99.55	D4e
109	73	A	G	17	18	94.44	D4f
110	73	A	G	93	94	98.94	D4g
111	73	A	G	129	129	100.00	D4h
112	73	A	G	48	48	100.00	D4i
113	73	A	G	320	322	99.38	D4j
114	73	A	G	40	40	100.00	D4m
115	73	A	G	18	18	100.00	D4n
116	73	A	G	69	69	100.00	D4o
117	73	A	G	12	12	100.00	D4p
118	73	A	G	29	29	100.00	D4q
119	73	A	G	13	13	100.00	D4s
120	73	A	G	238	240	99.17	D5a
121	73	A	G	169	170	99.41	D5b
122	73	A	G	25	25	100.00	D5c
123	73	A	G	19	19	100.00	D6a
124	73	A	G	15	15	100.00	D6c
125	73	A	G	401	402	99.75	E1a
126	73	A	G	59	59	100.00	E2a
127	73	A	G	32	32	100.00	E2b
128	73	A	G	839	844	99.41	F1a
129	73	A	G	156	157	99.36	F1b
130	73	A	G	73	73	100.00	F1c
131	73	A	G	84	84	100.00	F1d
132	73	A	G	36	36	100.00	F1e
133	73	A	G	161	161	100.00	F1f
134	73	A	G	92	92	100.00	F1g
135	73	A	G	79	79	100.00	F2a
136	73	A	G	32	32	100.00	F2b
137	73	A	G	14	14	100.00	F2c
138	73	A	G	20	20	100.00	F2d
139	73	A	G	11	12	91.67	F2e
140	73	A	G	11	11	100.00	F2f
141	73	A	G	10	10	100.00	F2i
142	73	A	G	90	90	100.00	F3a
143	73	A	G	231	231	100.00	F3b
144	73	A	G	37	37	100.00	F4a
145	73	A	G	72	73	98.63	F4b
146	73	A	G	82	82	100.00	G1a
147	73	A	G	108	108	100.00	G1b
148	73	A	G	16	16	100.00	G1c
149	73	A	G	282	283	99.65	G2a
150	73	A	G	58	58	100.00	G2b
151	73	A	G	11	11	100.00	G2c
152	73	A	G	43	44	97.73	G3a
153	73	A	G	18	18	100.00	G3b
154	73	A	G	63	63	100.00	HV2a
155	73	A	G	212	217	97.70	I1a
156	73	A	G	43	43	100.00	I1b
157	73	A	G	21	21	100.00	I1c
158	73	A	G	18	18	100.00	I1f
159	73	A	G	34	37	91.89	I2a
160	73	A	G	43	43	100.00	I2c
161	73	A	G	20	21	95.24	I2d
162	73	A	G	47	48	97.92	I3a
163	73	A	G	14	14	100.00	I3d
164	73	A	G	133	134	99.25	I4a
165	73	A	G	14	14	100.00	I4b
166	73	A	G	72	73	98.63	I5a
167	73	A	G	23	24	95.83	I5c
168	73	A	G	472	475	99.37	J1b
169	73	A	G	1670	1706	97.89	J1c
170	73	A	G	116	117	99.15	J1d
171	73	A	G	444	449	98.89	J2a
172	73	A	G	379	382	99.21	J2b
173	73	A	G	1306	1343	97.24	K1a
174	73	A	G	220	224	98.21	K1b
175	73	A	G	275	279	98.57	K1c
176	73	A	G	12	13	92.31	K1d
177	73	A	G	256	267	95.88	K2a
178	73	A	G	102	108	94.44	K2b
179	73	A	G	795	803	99.00	L0d
180	73	A	G	120	120	100.00	L0k
181	73	A	G	368	387	95.09	L1b
182	73	A	G	607	630	96.35	L1c
183	73	A	G	1259	1297	97.07	L2a
184	73	A	G	137	144	95.14	L2b
185	73	A	G	165	169	97.63	L2c
186	73	A	G	26	28	92.86	L2d
187	73	A	G	25	27	92.59	L2e
188	73	A	G	30	30	100.00	L3a
189	73	A	G	469	484	96.90	L3b
190	73	A	G	449	465	96.56	L3d
191	73	A	G	999	1027	97.27	L3e
192	73	A	G	337	339	99.41	L3f
193	73	A	G	97	101	96.04	L3h
194	73	A	G	41	43	95.35	L3i
195	73	A	G	20	20	100.00	L3k
196	73	A	G	49	49	100.00	L3x
197	73	A	G	20	20	100.00	L4a
198	73	A	G	111	113	98.23	L4b
199	73	A	G	36	38	94.74	L5a
200	73	A	G	18	18	100.00	L5b
201	73	A	G	70	70	100.00	M10a
202	73	A	G	26	26	100.00	M11a
203	73	A	G	9	10	90.00	M11b
204	73	A	G	73	73	100.00	M12a
205	73	A	G	70	70	100.00	M12b
206	73	A	G	44	44	100.00	M13a
207	73	A	G	15	15	100.00	M13b
208	73	A	G	17	17	100.00	M13c
209	73	A	G	21	21	100.00	M17a
210	73	A	G	45	45	100.00	M17c
211	73	A	G	22	22	100.00	M18a
212	73	A	G	237	240	98.75	M1a
213	73	A	G	54	55	98.18	M1b
214	73	A	G	38	38	100.00	M21a
215	73	A	G	96	96	100.00	M21b
216	73	A	G	27	28	96.43	M24a
217	73	A	G	32	32	100.00	M24b
218	73	A	G	60	60	100.00	M27a
219	73	A	G	66	66	100.00	M27b
220	73	A	G	32	32	100.00	M27c
221	73	A	G	117	117	100.00	M28a
222	73	A	G	10	10	100.00	M28b
223	73	A	G	18	18	100.00	M29b
224	73	A	G	138	139	99.28	M2a
225	73	A	G	107	107	100.00	M2b
226	73	A	G	12	12	100.00	M30b
227	73	A	G	27	27	100.00	M30c
228	73	A	G	16	16	100.00	M30d
229	73	A	G	25	25	100.00	M31a
230	73	A	G	10	10	100.00	M32a
231	73	A	G	149	149	100.00	M32c
232	73	A	G	47	47	100.00	M33a
233	73	A	G	17	17	100.00	M33b
234	73	A	G	21	21	100.00	M33c
235	73	A	G	41	41	100.00	M35a
236	73	A	G	62	64	96.88	M35b
237	73	A	G	28	28	100.00	M36d
238	73	A	G	20	20	100.00	M37a
239	73	A	G	14	14	100.00	M37e
240	73	A	G	32	32	100.00	M39b
241	73	A	G	113	115	98.26	M3a
242	73	A	G	55	55	100.00	M3c
243	73	A	G	36	36	100.00	M3d
244	73	A	G	29	29	100.00	M40a
245	73	A	G	27	29	93.10	M42a
246	73	A	G	18	18	100.00	M42b
247	73	A	G	11	11	100.00	M44a
248	73	A	G	20	20	100.00	M45a
249	73	A	G	16	16	100.00	M49a
250	73	A	G	13	13	100.00	M49c
251	73	A	G	19	19	100.00	M4a
252	73	A	G	27	27	100.00	M50a
253	73	A	G	53	54	98.15	M51a
254	73	A	G	21	21	100.00	M51b
255	73	A	G	34	34	100.00	M52a
256	73	A	G	19	19	100.00	M52b
257	73	A	G	24	24	100.00	M53b
258	73	A	G	185	189	97.88	M5a
259	73	A	G	31	31	100.00	M5b
260	73	A	G	21	21	100.00	M5c
261	73	A	G	10	10	100.00	M60a
262	73	A	G	22	22	100.00	M62b
263	73	A	G	42	43	97.67	M65a
264	73	A	G	11	11	100.00	M65b
265	73	A	G	34	34	100.00	M68a
266	73	A	G	14	14	100.00	M69a
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1271	263	A	G	18	19	94.74	P1f
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1275	263	A	G	265	265	100.00	Q1a
1276	263	A	G	13	13	100.00	Q1b
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1280	263	A	G	23	23	100.00	Q1f
1281	263	A	G	71	71	100.00	Q2a
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1288	263	A	G	17	17	100.00	R2d
1289	263	A	G	55	56	98.21	R30a
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1293	263	A	G	17	17	100.00	R7a
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1295	263	A	G	48	48	100.00	R8b
1296	263	A	G	178	178	100.00	R9b
1297	263	A	G	69	70	98.57	R9c
1298	263	A	G	12	12	100.00	S1a
1299	263	A	G	777	795	97.74	T1a
1300	263	A	G	48	48	100.00	T1b
1301	263	A	G	240	250	96.00	T2a
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10141	15326	A	G	56	56	100.00	B4g
10142	15326	A	G	18	18	100.00	B4h
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10147	15326	A	G	208	208	100.00	C1c
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10149	15326	A	G	453	460	98.48	C4a
10150	15326	A	G	273	273	100.00	C4b
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10161	15326	A	G	10	10	100.00	D1h
10162	15326	A	G	30	37	81.08	D1j
10163	15326	A	G	64	64	100.00	D2a
10164	15326	A	G	22	22	100.00	D2b
10165	15326	A	G	190	190	100.00	D4a
10166	15326	A	G	302	307	98.37	D4b
10167	15326	A	G	81	81	100.00	D4c
10168	15326	A	G	222	224	99.11	D4e
10169	15326	A	G	17	18	94.44	D4f
10170	15326	A	G	94	94	100.00	D4g
10171	15326	A	G	129	129	100.00	D4h
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10605	15454	T	C	172	173	99.42	U3a
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10611	15466	G	A	801	803	99.75	L0d
10612	15468	C	T	15	15	100.00	M13b
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10614	15479	T	C	70	70	100.00	R9c
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10626	15487	A	T	109	110	99.09	M8a
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10832	16069	C	T	116	117	99.15	J1d
10833	16069	C	T	444	449	98.89	J2a
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10841	16086	T	C	29	32	90.62	M24b
10842	16086	T	C	60	66	90.91	M27b
10843	16086	T	C	103	117	88.03	M28a
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10847	16092	T	C	30	30	100.00	B2o
10848	16092	T	C	19	22	86.36	D2b
10849	16093	T	C	34	41	82.93	C5c
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10851	16111	C	T	270	300	90.00	A2a
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10853	16111	C	T	21	23	91.30	A2f
10854	16111	C	T	16	18	88.89	A2g
10855	16111	C	T	27	31	87.10	A2h
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10857	16111	C	T	11	12	91.67	A2j
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11076	16188	C	T	37	44	84.09	M13a
11077	16189	T	C	10	11	90.91	A12a
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11304	16223	C	T	36	38	94.74	L5a
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11315	16223	C	T	45	45	100.00	M17c
11316	16223	C	T	22	22	100.00	M18a
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11500	16261	C	T	13	13	100.00	V10a
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11503	16264	C	T	335	387	86.56	L1b
11504	16265	A	C	265	265	100.00	Q1a
11505	16265	A	C	13	13	100.00	Q1b
11506	16265	A	C	36	39	92.31	Q1c
11507	16265	A	C	18	18	100.00	Q1d
11508	16265	A	C	27	27	100.00	Q1e
11509	16265	A	C	22	23	95.65	Q1f
11510	16265	A	G	51	54	94.44	A2b
11511	16266	C	A	611	676	90.38	B5a
11512	16266	C	T	294	359	81.89	P1d
11513	16266	C	T	19	19	100.00	P1f
11514	16266	C	T	57	64	89.06	R5a
11515	16266	C	T	9	10	90.00	Y1b
11516	16270	C	T	17	21	80.95	I1c
11517	16270	C	T	354	387	91.47	L1b
11518	16270	C	T	14	14	100.00	N11b
11519	16270	C	T	1164	1241	93.80	U5a
11520	16270	C	T	1136	1302	87.25	U5b
11521	16271	T	C	63	64	98.44	D2a
11522	16271	T	C	22	22	100.00	D2b
11523	16271	T	C	46	46	100.00	M71a
11524	16274	G	A	10	10	100.00	D1h
11525	16274	G	A	19	19	100.00	D6a
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11527	16274	G	A	18	18	100.00	G3b
11528	16274	G	A	102	107	95.33	M2b
11529	16275	A	G	28	34	82.35	M52a
11530	16275	A	G	18	19	94.74	M52b
11531	16278	C	T	272	283	96.11	G2a
11532	16278	C	T	50	52	96.15	L0f
11533	16278	C	T	10	10	100.00	L0g
11534	16278	C	T	120	120	100.00	L0k
11535	16278	C	T	368	387	95.09	L1b
11536	16278	C	T	587	630	93.17	L1c
11537	16278	C	T	1253	1297	96.61	L2a
11538	16278	C	T	134	144	93.06	L2b
11539	16278	C	T	165	169	97.63	L2c
11540	16278	C	T	26	28	92.86	L2d
11541	16278	C	T	25	27	92.59	L2e
11542	16278	C	T	467	484	96.49	L3b
11543	16278	C	T	36	38	94.74	L5a
11544	16278	C	T	18	18	100.00	L5b
11545	16278	C	T	12	12	100.00	M30b
11546	16278	C	T	149	149	100.00	M32c
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11766	16311	T	C	70	70	100.00	M10a
11767	16311	T	C	236	240	98.33	M1a
11768	16311	T	C	55	55	100.00	M1b
11769	16311	T	C	27	28	96.43	M24a
11770	16311	T	C	60	60	100.00	M27a
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11772	16311	T	C	11	11	100.00	M65b
11773	16311	T	C	40	40	100.00	M74a
11774	16311	T	C	88	88	100.00	M74b
11775	16311	T	C	18	20	90.00	M91a
11776	16311	T	C	265	265	100.00	Q1a
11777	16311	T	C	13	13	100.00	Q1b
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11779	16311	T	C	18	18	100.00	Q1d
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12239	16519	T	C	758	795	95.35	T1a
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12241	16519	T	C	234	250	93.60	T2a
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12244	16519	T	C	28	30	93.33	T2d
12245	16519	T	C	140	145	96.55	T2e
12246	16519	T	C	117	125	93.60	T2f
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12252	16519	T	C	360	396	90.91	U2e
12253	16519	T	C	167	173	96.53	U3a
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12293	16527	C	T	39	41	95.12	C5c